根据规划，粤港澳大湾区城际铁路与高铁、干线铁路通过枢纽换乘实现互联互通，与都市圈市域（郊）铁路、城市轨道交通在枢纽场站换乘衔接。广州枢纽主要场站间通过城际铁路环线和城市轨道交通连通，其余枢纽内各场站间通过城市轨道交通等方式实现连通。

客运枢纽总体布局方面，构建粤港澳大湾区内层次分明、分工合理、衔接高效的铁路客运枢纽体系，促进对外交通、城际交通和城市交通便捷衔接换乘。广州枢纽布局以广州、广州东、广州南、佛山西、广州白云（棠溪）站为主，广州北、南沙、新塘站为辅的“五主三辅”枢纽。深圳枢纽布局以深圳北、西丽、深圳站为主，深圳东、福田、深圳机场、深圳坪山站为辅的“三主四辅”枢纽。珠西地区布局以江门、珠海鹤洲、中山北站为主，珠海、中山、蓬江、横琴站为辅的“三主四辅”枢纽。此外，规划布局鱼珠、东莞西、惠州、肇庆东、珠三角新机场站等枢纽场站。

重点枢纽衔接方面，按照城际铁路引入中心城区、干线铁路便捷衔接的思路，结合重点枢纽相关主辅枢纽场站的功能定位和能力，确定重点枢纽场站线路衔接方案。其中，珠海鹤洲站、肇庆东站衔接近期实施的珠海至肇庆高铁，珠三角机场站衔接近期实施的南宁至玉林铁路至广湛铁路连接线。

与港澳口岸衔接方面，深圳市与香港特别行政区近期通过既有京九铁路、广深港高铁实现互联互通。珠海市与澳门特别行政区在珠海站、横琴站实现高铁、城际铁路与澳门轻轨衔接，做好各口岸与城际铁路站点之间的连接规划，支持粤澳新通道（青茂口岸）连接通道与广珠城际铁路在珠海站内连接，促进澳门融入国家铁路网络。

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